חומר הגלם לתהליך (חומר אורגני כגון זבל רפתות, זבל לולים ושאריות מזון) מוזן למיכל העיכול של המתקן.

מיכל העיכול מחומם לטמפ' של 40-35 מעלות צל' (תהליך מזופילי) באמצעות מערכת חימום שמותקנת על דפנותיו ומספק סביבה נטולת חמצן ואור. חומר הגלם מוזן למיכל ושוהה בו כ-40-30 ימים במהלכם הוא מתפרק ע"י מיקרו אורגניזמים בתהליך של עיכול אנאירובי. התוצר הסופי של תהליך זה הוא הביוגז המורכב בעיקר מגז מתאן ושמצטבר בכיפת המיכל. 

הביוגז מוזרם למערכת הקוגנרציה (CHP) ומשמש לייצור חשמל וחום.

החשמל המיוצר מוזרם ישירות לרשת החשמל ומתקבל עבורו תעריף קבוע, לפי הסדרת רשות החשמל.

החום המיוצר משמש לחימום מיכל העיכול ובמידת הצורך ניתן לנצלו גם לטובת ייבוש/אידוי תוצרי הלוואי של התהליך.

החומר המעוכל מוצא ממיכל העיכול ומוזרם למכונת הפרדה המוציאה שני זרמים: זרם מוצק וזרם נוזלי. החומר המעוכל הוא כמעט ללא ריח ואינו מושך זבובים. 

הזרם המוצק היוצא מהמפרדה הוא חומר מיוצב (בריכוז של 30-20% חומר יבש), בעל צמיגות נמוכה וערך דישוני (ניתן לפיזור בשדות כמטייב קרקע למשל).

הזרם הנוזלי היוצא מהמפרדה (בריכוז של 5-3% חומר יבש) משמש בחלקו לדילול הפסולת החדשה הנכנסת למתקן ולהורדת ריכוז החומר היבש בה. זרם זה, במצבו הגולמי, אסור להזרמה למט"ש (בשל העומס הביולוגי בו) ופיזורו בשדות נתון להגבלות של המשרד להגנת הסביבה (בשל רמת המליחות הגבוהה בו). ישנן מספר שיטות להתמודדות עם הזרם הנוזלי הנותר בתום התהליך, ביניהן ייבוש תרמי, סילוק מלחים (באמצעות צנטריפוגה ומערכת UF), סילוק אמוניה וכן באמצעות בריכת אידוי, כאשר לכל פרויקט תותאם השיטה עבורו.